Die Saatgutaufbereitung erfolgt durch das FoGZ. Je nach Baumart kommen verschiedene Methoden zu Einsatz. Viele Nadelbaumarten (wie z.B. Tannen) können nur im unreifen Stadium geerntet werden und müssen dann bis zu 100 Tage nachreifen. Dazu werden sie trocken und luftig gelagert, erst dann können sie geklengt werden.


Bei andere Baumarten, wie z.B. bei der Vogelkirsche oder der Vogelbeere, müssen die Samen erst vom Fruchtfleisch getrennt werden, bevor weitere Aufarbeitungsschritte erfolgen können Nur wenn die Saatgutaufbereitung ordnungsgemäß durchgeführt wird, bleibt die Keimfähigkeit des Saatguts erhalten.