Die FAWF organisiert sich in drei Forschungsbereichen, die sich wiederum in der Regel in drei Forschungsgruppen untergliedern. 2010 hinzugekommen ist das Rheinland-Pfalz Kompetenzzentrum für Klimawandelfolgen.
Bei der Leitung sind auch künftig, neben zentralen Verwaltungsaufgaben, Querschnittsbereiche wie Bibliothek, Biometrie und IT sowie der Bereich Internationale Projekte und Netzwerke angesiedelt.