Der Schutz von Wäldern als Lebensraum  mit ihren Lebensgemeinschaften ist ein Teilziel einer multifunktionalen, naturnahen Waldbewirtschaftung.
Wie sich Wälder und ihre Artengemeinschaften mit und ohne Bewirtschaftung entwickeln können, erforschen und untersuchen wir gezielt in den übers ganze Land verteilten Naturwaldreservaten und ihren bewirtschafteten Vergleichsflächen.  Daher wissen wir auch um die große Bedeutung mächtiger, alter und auch abgestorbener Bäume als Lebensraum für viele spezialisierte Arten. Aus diesen Gründen wird im Wirtschaftswald ein Konzept zum Belassen von Biotopbäumen, alten Bäumen und Totholz (BAT) umgesetzt.
In Einzelfällen wird Naturschutz im Wald mit der Ausweisung von Nationalparken und Biosphärenreservaten auch sehr großflächig verfolgt. In diesen Schutzgebieten betreiben wir in Zusammenarbeit mit den jeweiligen Trägerorganisationen Monitoringsysteme, um die jeweiligen Entwicklungen in Abhängigkeit von Maßnahmen und Zonierung zu dokumentieren.
Zu unseren Aufgaben gehört auch die Erfassung und Einschätzung der Auswirkungen von neu eingewanderten und einwandernden Arten (Neobiota).